После долгих путешествий по форумам, я таки добился результата. И хочу отписаться, что бы другим легче было.
Как я понял, что бы заниматься костной анимацией в Блице, используя при этом обойму 3Dsmax+Pipeline, есть всего два способа:
1. создать обьект и его анимацию. Сохранить обьект(меш) в одном файле и отдельно сохранить анимации костей в других. Этот способ хорош тем, что можно разным персонажам в игре присваивать одну и туже анимацию(к примеру толпа разных зомби будут двгаться по одной анимации). По мне так это очень удобно и с точки зрения анимирования в Максе. Создал кучу файлов, каждый под своим именем. Можно структурно расположить, особоенно если персонаж собирается не только бегать и прыгать, а допустим танцевать или еще чего больше. Очень многие на форумах ссылаются "http://blitz-coder.narod.ru/text/export/export.htm" Здесь описывается правильный экспорт через pipeline. Ну так вот хочу сказать, что способ это работает очень хорошо, есть есть только пара анимаций персонажа, а чуть больше, начинается фигня которую я описывал выше в этой теме. Кости съезжают, все через " 
>>:( " ! И как с этим бороться никто не подсказал, и сам я не нашел. Говорят, что дело в галочках Пипелина, все перетырках, не получилось. 2. Поэтому люди добрые сказали (Спасбо, gforcer!), делай анимацию, где все в одном файле. Это работает. Ага. только что бы это заработало надо опять перетыркать кучу галочек в пипелине. Иначе получается, что скелет двигется, а меш стоит мертво. Я думаю, я не единственный с такой проблемой. В общем просидев все ночь, удалось найти нужную комбинацию галочек. Для тех кому интересно отписываю (кому не интересно, переверните страницу):
После того как содали персонажа и анимацию в Максе, надо спрятать все кости, оставить только один меш. При этом он может нести в себе данные о текстуре и развертке. После чего експортируем через Pipeline Plugin. И там галочки.
Scene Root - off
XRef Scenes - on
XRef Objects - on
\-Meshes - on
\-Normals - on
\-Vertex Color - on
\-Materials - on
\-Textures - on
\-Relative Path - on
Bone Meshes - off
Helpers - off
Shapes - off
Export Animation - on
Export Bones - on
Export Morphs - on
Preserve Key Frames - on
Enable Extension - off (если эта опция включена вместе с SceneRoot, то бейсик ругается при выходе из программы. Но возможно, это только у меня )
Нет, я не говорю, что я такой умный и написал здесь, что всем давно извесно. Но еслиб я прочитал такой пост где вс написано подробно, не мучился 2 недели с поиском, а занимался бы анимацией, что мне гораздо более интересно. 
